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Cantera

Cantera est un ensemble d'outils logiques orientés objet pour des problèmes impliquant la cinétique chimique, la thermodynamique et/ou les processus de transport.

Pour plus d'information

Exécution de Cantera​

ModuleVersion
Cantera3.2.0

Exemple de Script slurm de Job Cantera​

Voici un exemple de script SLURM pour la soumission de jobs :

#!/bin/bash -x
#SBATCH --account=<id-projet>
#SBATCH --partition=std
#SBATCH --job-name=cantera
#SBATCH --output=slurm-%x.%N.%j.out
#SBATCH --error=slurm-%x.%N.%j.err
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=0-01:00:00

# Afficher les variables d'environnement SLURM
env | grep -i slurm

# Changer au répertoire de soumission
cd "$SLURM_SUBMIT_DIR"

# Créer un répertoire temporaire pour le job
WORKDIR="$SCRATCHDIR/job.$SLURM_JOB_ID.$USER"
mkdir -p "$WORKDIR"

module purge
module load cantera/3.2.0

ulimit -s unlimited

# Copier les fichiers de soumission dans le répertoire de travail
cp "$SLURM_SUBMIT_DIR"/*.yaml "$WORKDIR"
cp "$SLURM_SUBMIT_DIR"/*.py "$WORKDIR"

# Changer au répertoire de travail
cd "$WORKDIR"

# Enregistrer l'heure de début
echo "Début du calcul : $(date)" >> "$SLURM_SUBMIT_DIR/slurm-${SLURM_JOB_ID}.log"

# Exécuter avec mpirun ou srun selon la politique du cluster
srun python script.py > script_output.log 2>&1

# Enregistrer l'heure de fin
echo "Fin du calcul : $(date)" >> "$SLURM_SUBMIT_DIR/slurm-${SLURM_JOB_ID}.log"

# Créer un répertoire de sortie
OUTDIR="$SLURM_SUBMIT_DIR/outdir.$SLURM_JOB_ID"
mkdir -p "$OUTDIR"

# Déplacer tous les fichiers de travail vers le répertoire de sortie
cp "$WORKDIR"/* "$OUTDIR"

# Optionnel : Décommenter la ligne ci-dessous pour supprimer le répertoire de travail
# rm -rf "$WORKDIR"

Utiliser Jupyter pour le Débogage de Code Python et l'Ajustement des Paramètres​

Réservation de Nœud Interactif​

Pour réserver un nœud interactif, utilisez :

salloc -A $SLURM_ACCOUNT -N1 -p std -t 1:00:00 srun --pty bash \
-c 'module purge; module load cantera/3.2.0; \
jupyter lab --no-browser --port=8888 --ip=0.0.0.0'

Configuration du Tunnel SSH​

Ouvrez un tunnel SSH depuis votre machine locale avec :

ssh -fNL 8888:noeud:8888 -p <port> login@193.54.9.82

Ouvrir Jupyter dans Votre Navigateur​

Après avoir configuré le tunnel SSH, ouvrez Jupyter dans votre navigateur web en naviguant vers :

http://localhost:8888/lab?
note

Pour plus de détails sur l'utilisation de Jupyter sur eXplor, visitez : Documentation Jupyter