Vue d’ensemble des services
eXplor-v2 propose plusieurs services pour accéder aux ressources de calcul, de stockage et de visualisation du Mésocentre.
Les services sont accessibles principalement de deux manières :
- SSH, pour la ligne de commande, les scripts, les transferts et les workflows automatisés ;
- Open OnDemand, pour utiliser les ressources depuis un navigateur web et lancer des applications interactives.
Ces modes d'accès sont complémentaires. Les applications interactives utilisent les ressources gérées par SLURM et sont soumises aux mêmes règles de partitions, de quotas, de durée et de priorité que les autres jobs.
Services disponibles
| Service | Description | Accès principal |
|---|---|---|
| Open OnDemand | Portail web regroupant les terminaux, fichiers, jobs et applications interactives | Navigateur web |
| Visualisation | Sessions graphiques distantes avec TurboVNC et applications scientifiques | Open OnDemand |
| JupyterLab | Notebooks et environnement de développement Python dans le navigateur | Open OnDemand |
| VS Code | Environnement de développement intégré exécuté sur une ressource de calcul | Open OnDemand |
| Relion | Applications et interfaces graphiques pour le traitement d'images | Open OnDemand et SLURM |
Open OnDemand
Open OnDemand est le portail web d'eXplor-v2. Il permet d'accéder aux ressources du Mésocentre sans installer de client SSH ni de bureau distant.
Selon les droits de votre compte et la configuration du portail, vous pouvez y trouver :
- Files, pour gérer les fichiers dans
$HOME, l'espace projet et$SCRATCH; - Shell / Terminal, pour ouvrir un terminal web ;
- Jobs, pour consulter vos jobs SLURM ;
- Interactive Apps, pour lancer des applications interactives ;
- des services comme JupyterLab, VS Code, Relion et TurboVNC.
Accès au portail :
Les sessions interactives consomment des ressources
Une application ou un terminal lancé depuis Open OnDemand peut correspondre à un job SLURM. Fermez les sessions inutilisées afin de libérer les CPU, la mémoire et les GPU demandés.
Choisir le bon service pour votre besoin
| Besoin principal | Service recommandé | Références |
|---|---|---|
| Calcul de production non interactif | Script batch SLURM avec sbatch | Calcul batch |
| Tester rapidement un code ou un logiciel | Session interactive avec srun ou Open OnDemand | Jobs interactifs |
| Visualiser des résultats 3D ou utiliser des interfaces graphiques lourdes | Session TurboVNC sur la partition visu | Visualisation |
| Travailler dans un notebook ou un IDE web | JupyterLab ou VS Code via Open OnDemand | JupyterLab, VS Code |
| Utiliser Relion avec une interface graphique | Relion via Open OnDemand et une session de visualisation | Relion |
Si vous hésitez entre plusieurs services, commencez par une session interactive courte sur la partition debug pour tester vos outils. Une fois le workflow validé, utilisez de préférence un job batch pour les traitements de production.
Ligne de commande et automatisation
Utilisez SSH pour :
- éditer et exécuter des scripts ;
- compiler des programmes ;
- transférer des fichiers avec
scpoursync; - soumettre des jobs batch ;
- automatiser des workflows avec des scripts, Makefiles ou Snakemake ;
- utiliser des outils qui ne disposent pas d'une interface Open OnDemand.
Consultez Accéder à eXplor-v2 et la section SLURM.
Notebooks et développement interactif
Utilisez JupyterLab pour :
- développer et exécuter du code Python ;
- produire des analyses reproductibles ;
- utiliser des notebooks ;
- travailler avec des environnements ou des modules disponibles sur eXplor-v2.
Utilisez VS Code pour :
- éditer un projet dans une interface complète ;
- travailler avec plusieurs fichiers ;
- utiliser un terminal intégré ;
- développer sur une allocation SLURM.
Visualisation et applications graphiques
Utilisez Visualisation pour :
- ouvrir une session graphique distante ;
- utiliser des logiciels comme ParaView ou VMD, selon leur disponibilité ;
- visualiser des données volumineuses sans les transférer sur votre poste ;
- exploiter les nœuds de visualisation de la partition
visu.
Pour les workflows de microscopie électronique et de traitement d'images, consultez Relion.
Rôle de SLURM
SLURM est le gestionnaire de ressources d'eXplor-v2. Il attribue les CPU, la mémoire, les GPU et le temps d'exécution aux jobs.
Lorsqu'une application est lancée depuis Open OnDemand :
- vous choisissez l'application ;
- vous sélectionnez une partition ;
- vous indiquez les ressources souhaitées ;
- Open OnDemand soumet un job SLURM ;
- l'application démarre lorsque les ressources sont disponibles.
Les traitements longs ou reproductibles doivent généralement être exécutés avec des jobs batch plutôt qu'avec une session interactive.
Pour aller plus loin :
Stockage et données
Les services eXplor-v2 utilisent les espaces de stockage du Mésocentre. Les chemins et les règles d'utilisation peuvent varier selon le type de données :
$HOME, pour les fichiers personnels et les configurations ;- l'espace projet, pour les données partagées et les résultats conservés ;
$SCRATCH, pour les données temporaires liées aux calculs.
N'utilisez pas $SCRATCH comme espace d'archivage permanent. Consultez Espaces de stockage avant de transférer ou d'organiser vos données.
Bonnes pratiques générales
- Choisissez une partition et des ressources adaptées à votre besoin.
- Utilisez les sessions interactives pour le développement, les tests et les traitements courts.
- Utilisez les jobs batch pour les traitements longs ou les campagnes répétées.
- Fermez les applications et sessions Open OnDemand inutilisées.
- Évitez d'exécuter des calculs lourds sur les nœuds de connexion.
- Stockez les données dans l'espace prévu pour leur usage.
- Conservez les scripts et paramètres nécessaires à la reproductibilité.
- Consultez les pages détaillées avant de lancer une application spécialisée.
Besoin d'aide ?
Si un service ne démarre pas, notez le nom de l'application, la partition, les ressources demandées, le message d'erreur et, si possible, l'identifiant du job SLURM. Ces informations aideront le support à établir un diagnostic.