Bienvenue sur eXplor-v2
Bienvenue sur la documentation du centre de calcul eXplor-v2.
eXplor-v2 est le nouveau centre de calcul scientifique de l'Université de Lorraine. Il entrera prochainement en production et cette documentation accompagne l'ensemble des utilisateurs dans la découverte et l'utilisation de la plateforme.
Que vous soyez déjà familier avec les clusters HPC ou que vous découvriez le calcul scientifique distribué, vous trouverez ici les informations nécessaires pour accéder au centre, préparer un environnement, lancer des calculs et récupérer vos résultats.
eXplor-v2 étant une nouvelle infrastructure, tous les utilisateurs sont invités à suivre le parcours de prise en main, y compris ceux qui ont déjà utilisé d'autres clusters. Les procédures, les ressources et les politiques peuvent différer des environnements précédents.
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Suivez le parcours de découverte étape par étape :
Vous connaissez déjà le HPC ?
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Le parcours recommandé
Pour une première utilisation, suivez ces étapes dans l'ordre :
- Découvrir eXplor-v2.
- Obtenir ou activer votre compte.
- Effectuer une première connexion.
- Comprendre les espaces de stockage.
- Charger un logiciel avec les modules.
- Comprendre le fonctionnement de Slurm.
- Lancer un job interactif.
- Soumettre un job batch.
- Consulter les résultats et gérer les fichiers.
- Demander de l'aide si nécessaire.
Les grandes sections
Bien démarrer
Découvrez l'organisation du centre, les modalités d'accès, la connexion SSH, les notions fondamentales du calcul HPC et les règles d'utilisation.
Accéder à la section Bien démarrer
Services
Utilisez les services interactifs proposés par eXplor-v2, notamment Open OnDemand, TurboVNC, JupyterLab et VS Code.
Ressources de calcul
Consultez les caractéristiques des ressources CPU, GPU et visualisation, l'organisation des partitions et les critères de choix des ressources.
Slurm
Apprenez à demander des ressources, lancer des jobs interactifs ou batch, suivre leur état et analyser leur consommation.
Environnements logiciels
Chargez les compilateurs, bibliothèques et applications scientifiques disponibles grâce au système de modules. Découvrez également Python, Spack, CUDA et Apptainer.
Explorer les environnements logiciels
Stockage
Comprenez la différence entre $HOME, les espaces projet et $SCRATCH. Consultez les quotas, la politique de rétention et les méthodes de transfert de données.
Consulter la documentation stockage
Applications scientifiques
Retrouvez les informations relatives aux principaux logiciels scientifiques installés sur eXplor-v2 et leur utilisation avec les modules et Slurm.
Conteneurs
Utilisez Apptainer pour exécuter des environnements logiciels reproductibles sur les nœuds de calcul.
Projets
Consultez les procédures de demande de projet, de rattachement des utilisateurs, de suivi de la consommation et de renouvellement.
Consulter la gestion des projets
Règles essentielles
Les nœuds de connexion servent à préparer les calculs, éditer les fichiers, compiler des programmes légers, transférer des données et soumettre des jobs. Les calculs doivent être exécutés sur les nœuds de calcul via Slurm.
Ne conservez pas l'unique copie d'une donnée importante dans $SCRATCH. Cet espace est temporaire, partagé et soumis à une rétention de trois mois ainsi qu'à un nettoyage automatique. Placez les résultats à conserver dans un espace projet ou un stockage adapté.
Conservez le script de soumission, les versions utilisées et la liste des modules chargés avec vos résultats. Ces informations sont indispensables pour reproduire un calcul et faciliter le support.
Stockage en bref
| Espace | Usage | Limite principale |
|---|---|---|
$HOME | Configuration, scripts et petits fichiers | 30 Go par utilisateur, avec sauvegarde |
| Espace projet | Données partagées et résultats importants | Quota en To, extensible jusqu'à 10 To sur demande justifiée |
$SCRATCH | Fichiers temporaires et calculs intensifs | Pas de quota individuel, rétention de 3 mois et nettoyage automatique |
Mise en production
eXplor-v2 étant un nouveau centre, certaines informations peuvent évoluer pendant la phase de démarrage : partitions, ressources disponibles, services, quotas ou procédures de support.
Consultez régulièrement la documentation et les communications du centre avant de lancer une campagne de calcul importante.
Les informations à vérifier avant l'ouverture comprennent notamment :
- les noms DNS des nœuds de connexion ;
- les noms officiels des partitions Slurm ;
- l'URL Open OnDemand ;
- les chemins des espaces projet et scratch ;
- les caractéristiques des nœuds CPU et GPU ;
- les commandes de consultation des quotas ;
- la politique exacte de sauvegarde du
$HOME; - la procédure de demande d'extension d'espace projet ;
- la date officielle d'entrée en production.
Besoin d'aide ?
Avant de contacter le support, rassemblez si possible :
hostname
id
groups
module list
sinfo
squeue -u "$USER"
Pour un job terminé :
sacct -j identifiant_job --format=JobID,State,Elapsed,AllocTRES,MaxRSS
Indiquez dans votre demande :
-
votre identifiant ;
-
le projet concerné ;
-
le numéro du job ;
-
la commande ou le script utilisé ;
-
le message d'erreur complet ;
-
les modules chargés ;
-
le nœud concerné, s'il est connu ;
-
la date et l'heure du problème.
Citation
Si eXplor-v2 contribue à vos travaux, consultez les règles de citation et de reconnaissance du centre.