VASP
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) est un logiciel de calcul de structure électronique fondé sur la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT). Il est utilisé notamment pour l’étude des matériaux, des surfaces, des défauts, des propriétés électroniques et des simulations de dynamique moléculaire ab initio.
VASP est un logiciel soumis à licence. Son utilisation sur eXplor-v2 est réservée aux utilisateurs et aux projets disposant d’un droit d’utilisation valide. Ne copiez ni ne redistribuez les exécutables, les jeux de pseudopotentiels ou les fichiers soumis à licence.
Disponibilité
| Élément | Information |
|---|---|
| Logiciel | VASP |
| Domaine | Physique du solide, science des matériaux, chimie computationnelle |
| Licence | Commerciale et restrictive |
| Exécutable courant | vasp_std |
| Exécution parallèle | MPI, OpenMP et l’accélération GPU peuvent être disponibles |
| Documentation | Documentation officielle VASP |
Recherchez les versions installées et leur description :
module spider vasp
module avail 2>&1 | grep -i vasp
Chargez la version demandée par votre projet :
module purge
module load vasp/VERSION
which vasp_std
Remplacez VERSION par une version réellement proposée par module spider vasp.
Fichiers d’entrée
Un calcul VASP repose généralement sur les fichiers suivants :
| Fichier | Rôle |
|---|---|
INCAR | Paramètres du calcul |
POSCAR | Structure atomique initiale |
POTCAR | Pseudopotentiels ; fichier soumis à licence |
KPOINTS | Maillage en points k |
submit.slurm | Script de soumission Slurm |
Les sorties importantes incluent fréquemment OUTCAR, OSZICAR, vasprun.xml, CONTCAR, DOSCAR, EIGENVAL et CHGCAR.
Commencez avec une structure et un maillage de points k réduits. Vérifiez que le calcul converge, que les ressources sont adaptées et que les fichiers de sortie sont correctement produits avant de lancer une campagne plus coûteuse.
Réservation des ressources
Les besoins dépendent fortement du système étudié, du nombre de bandes, du maillage en points k, de l’algorithme électronique et du type de calcul. Utilisez les scripts ci-dessous comme point de départ, puis ajustez-les après un test.
- CPU : adapté aux calculs VASP MPI classiques ; choisissez le nombre de tâches MPI selon la taille du système et les performances mesurées.
- GPU : utilisez une version VASP compilée avec le support GPU, si elle est disponible, et une allocation
--gres=gpu:1.
Consultez les pages Ressources et partitions Slurm et CUDA et GPU avant de modifier une allocation GPU.
Scripts de soumission
Ces scripts sont des modèles. Adaptez la partition, le nombre de nœuds, le nombre de tâches MPI, le nombre de CPU par tâche, la mémoire, les GPU et la durée à votre calcul et aux ressources réellement disponibles sur eXplor-v2.
- Partition CPU
- Partition GPU
Exemple MPI sur un nœud CPU. Remplacez 40 par un nombre de tâches adapté à la configuration réelle du nœud et à la version VASP utilisée.
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp-cpu
#SBATCH --partition=std
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=40
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --output=%x.%j.out
#SBATCH --error=%x.%j.err
set -euo pipefail
cd "$SLURM_SUBMIT_DIR"
module purge
module load vasp/VERSION
srun vasp_std
Soumettez le script :
sbatch vasp-cpu.slurm
Utilisez ce modèle uniquement avec une version de VASP compilée avec le support GPU. Vérifiez son nom et ses prérequis avec module spider vasp ou auprès du support.
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp-gpu
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=32G
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --output=%x.%j.out
#SBATCH --error=%x.%j.err
set -euo pipefail
cd "$SLURM_SUBMIT_DIR"
module purge
module load vasp/VERSION-GPU
nvidia-smi
srun vasp_std
Soumettez le script :
sbatch vasp-gpu.slurm