Logiciels scientifiques
Cette page répertorie les logiciels scientifiques disponibles sur eXplor-v2 pour la dynamique moléculaire, la chimie quantique, la physique du solide, l'ingénierie et le calcul numérique.
Sélectionnez un logiciel pour accéder à sa documentation dédiée : versions disponibles, chargement du module, prérequis de licence, ressources recommandées et exemples de scripts Slurm adaptés aux partitions CPU et GPU.
Les versions réellement disponibles doivent toujours être vérifiées avec module spider nom-du-logiciel. Certains logiciels commerciaux nécessitent une licence valide ou sont accessibles uniquement dans le cadre de projets autorisés.
Dynamique moléculaire
| Logiciel | Usage principal | Licence | Support CPU/GPU |
|---|---|---|---|
| GROMACS | Dynamique moléculaire, systèmes biomoléculaires | Open source | CPU + GPU |
| LAMMPS | Dynamique moléculaire et modélisation de matériaux | Open source | CPU + GPU |
Chimie quantique
| Logiciel | Usage principal | Licence | Support CPU/GPU |
|---|---|---|---|
| Gaussian | Structure électronique et chimie quantique | Commerciale | CPU |
| Molpro | Chimie quantique de haute précision | Commerciale | CPU |
| ORCA | Chimie théorique et computationnelle | Open source | CPU |
Physique du solide
| Logiciel | Usage principal | Licence | Support CPU/GPU |
|---|---|---|---|
| VASP | DFT, structure électronique et science des matériaux | Commerciale | CPU + GPU |
| Quantum ESPRESSO | DFT et simulations de physique du solide | Open source | CPU |
Ingénierie et simulation
| Logiciel | Usage principal | Licence | Support CPU/GPU |
|---|---|---|---|
| ANSYS | Mécanique, fluides, électromagnétisme et simulation multiphysique | Commerciale | CPU |
| OpenFOAM | Mécanique des fluides numérique | Open source | CPU |
Calcul numérique et programmation
| Logiciel | Usage principal | Licence | Support CPU/GPU |
|---|---|---|---|
| MATLAB | Calcul numérique, traitement des données et programmation scientifique | Commerciale | CPU + GPU |
| Julia | Calcul scientifique et technique | Open source | CPU |
Utiliser un logiciel
La procédure générale est la suivante :
- Ouvrez la page du logiciel choisi dans les tableaux ci-dessus.
- Vérifiez les versions disponibles :
module spider nom-du-logiciel
- Chargez explicitement une version dans votre session ou votre script Slurm :
module purge
module load nom-du-logiciel/VERSION
- Testez l'application dans une allocation interactive adaptée aux ressources nécessaires.
- Utilisez l'exemple de script Slurm de la page dédiée comme point de départ pour un job batch.
Les scripts CPU, GPU et MPI ne sont pas regroupés dans une page générale. Ils sont placés dans la page de chaque logiciel afin de tenir compte de ses exécutables, de son parallélisme, de ses contraintes de licence et de ses besoins en ressources.
Bonnes pratiques
- Consultez systématiquement
module spideravant de choisir une version. - Chargez les modules avec une version explicite dans tous les scripts Slurm.
- Testez les fichiers d'entrée sur un cas réduit avant une production longue.
- Adaptez le nombre de CPU, de tâches MPI, de GPU, la mémoire et la durée à votre application.
- Vérifiez les fichiers de sortie et les journaux Slurm après chaque test.
- Conservez les fichiers d'entrée, scripts de soumission et résultats importants dans votre espace projet.
- Utilisez
$SCRATCHpour les données temporaires volumineuses ; cet espace n'est pas sauvegardé et applique une rétention de trois mois. - Respectez les licences des logiciels commerciaux et des données associées, notamment les pseudopotentiels.