Visualisation distante (TurboVNC)

La visualisation distante permet d’utiliser des applications graphiques (Paraview, VMD, Relion, etc.) directement sur le cluster eXplor, tout en n’envoyant vers votre poste que l’image compressée du bureau distant. La charge de calcul et de rendu reste ainsi sur les nœuds du mésocentre, pas sur votre machine personnelle.

Sur eXplor, la visualisation graphique s’appuie sur :

• des nœuds dédiés dans une partition de visualisation (par exemple visu) ;
• le protocole TurboVNC pour le bureau distant ;
• le portail Open OnDemand comme point d’entrée principal.

Prérequis côté poste utilisateur

Pour utiliser la visualisation distante via Open OnDemand, vous avez uniquement besoin de :

• un navigateur web moderne (Firefox, Chrome, Edge, …) ;
• une connexion réseau suffisamment stable.

info

Il n’est pas nécessaire d’installer un client VNC ou TurboVNC sur votre poste.
Toute la partie VNC/TurboVNC est gérée côté cluster et s’affiche directement dans le navigateur.

Aucun logiciel spécifique n’est donc requis sur votre machine personnelle, en dehors du navigateur.

Quand utiliser la visualisation distante ?

La visualisation distante est recommandée lorsque vous avez besoin de :

• visualiser des données volumineuses (champs 3D, trajectoires, volumes, maillages) ;
• utiliser des logiciels avec interface graphique lourde (Paraview, VMD, Relion GUI, outils de post‑traitement) ;
• manipuler des résultats directement là où ils sont stockés (/project, /scratch) sans transfert massif vers votre poste.

Exemples typiques :

• inspection de résultats CFD ou de champs de contraintes ;
• visualisation de trajectoires de dynamique moléculaire ;
• post‑traitement d’images ou de volumes 3D ;
• réglage d’une chaîne de traitement dans une interface graphique avant automatisation.

Pour des visualisations très légères (quelques courbes, petites figures), il peut être plus simple de générer les images via un script et de les rapatrier.

Architecture générale

À très haut niveau, la chaîne de visualisation ressemble à ceci :

1. Vous demandez une session de visualisation sur la partition appropriée (visu) via Open OnDemand.
2. Un job SLURM démarre un serveur TurboVNC sur un nœud de visualisation.
3. Vous vous connectez à ce bureau distant dans le navigateur (via OOD).
4. Les applications graphiques sont exécutées sur le nœud de visualisation et affichées dans cette session.

Le calcul et le rendu 3D se font du côté cluster ; seule l’image compressée du bureau est envoyée à votre poste.

Démarrer une session de visualisation via Open OnDemand

La méthode recommandée pour lancer une session TurboVNC sur eXplor est de passer par Open OnDemand.

Étapes typiques :

1. Connexion au portail

   • Ouvrez un navigateur web.
   • Accédez au portail Open OnDemand d’eXplor.
   • Authentifiez‑vous avec vos identifiants.

2. Lancer une session de visualisation

   • Dans le menu Interactive Apps, choisir l’application de type Desktop / Visualisation / VNC (nom exact selon la configuration locale).
   • Remplir le formulaire :
     • Partition : choisir la partition de visualisation (par ex. visu).
     • Temps maximal : durée de la session (ex : 1–4 h).
     • Nombre de cœurs CPU : selon le logiciel (2–8 cœurs typiquement).
     • Mémoire : adapter à la taille des jeux de données (par ex. 16–64 Go).
     • GPU : si la visualisation profite d’un GPU et que les nœuds visu sont équipés.

3. Démarrage et connexion

   • Une fois le job pris en charge par SLURM, un bouton “Connect” / “Launch Desktop” apparaît.
   • Cliquez dessus pour ouvrir le bureau distant dans votre navigateur.

Vous obtenez alors un bureau Linux distant (XFCE) qui tourne sur un nœud de la partition visu.

Utiliser des logiciels de visualisation dans la session

À l’intérieur du bureau distant :

1. Ouvrez un terminal graphique (xterm, gnome‑terminal…).

2. Chargez les modules nécessaires, par exemple :

   module load paraview
   module load vmd
   module load relion

3. Lancez le logiciel, par exemple :

   paraview &
   vmd &
   relion &

4. Ouvrez vos données directement depuis /project/... ou /scratch/....

Bonnes pratiques :

• privilégier les données stockées sur les systèmes de fichiers parallèles prévus pour le calcul ;
• éviter de copier de gros volumes vers /home juste pour visualiser ;
• fermer les applications et la session quand vous avez terminé pour libérer les ressources.

Sessions de visualisation et SLURM

Une session de visualisation est, d’un point de vue SLURM, un job interactif particulier :

• elle consomme des ressources sur un nœud de la partition visu (CPU, mémoire, éventuellement GPU) ;
• elle est soumise avec une limite de temps maximale ;
• elle doit respecter les mêmes quotas et politiques que les autres jobs.

Conséquences importantes :

• n’ouvrez pas de session de visualisation “à vide” pendant des heures si vous ne vous en servez pas ;
• adaptez le temps et les ressources au besoin réel ;
• si vous avez besoin de sessions très longues ou répétées, discutez‑en avec l’équipe support.

Quand choisir visualisation vs autres services

Besoin principal	Service recommandé
GUI lourde, 3D, gros volumes	Visualisation TurboVNC (visu)
Quelques figures ou courbes	Script batch + images, ou JupyterLab
Débogage de code sans interface GUI	Job interactif en terminal (srun / OOD)
Analyse / notebooks interactifs	JupyterLab via Open OnDemand

Idée directrice :

• visualisation TurboVNC pour les workflows orientés GUI lourde / 3D,
• Jupyter / scripts pour la génération de figures “scientifiques” classiques,
• terminal interactif pour la prise en main et le débogage sans interface graphique.

Bonnes pratiques

• Regrouper les actions de visualisation dans des sessions dédiées, plutôt que de laisser une session ouverte en permanence.
• Fermer proprement le bureau distant et les logiciels graphiques lorsque vous avez terminé.
• Si la réactivité est mauvaise :
  • vérifier votre connexion réseau locale,
  • réduire la taille de la fenêtre ou la résolution,
  • éviter d’afficher plusieurs applications 3D lourdes en même temps.
• Ne pas utiliser la visualisation comme substitut à un pipeline batch : les calculs lourds (simulation, gros post‑traitements) doivent rester dans des jobs SLURM classiques.

Résumé

La visualisation distante via TurboVNC et la partition de visualisation d’eXplor permet :

• de travailler graphiquement au plus près des données ;
• d’exploiter la puissance des nœuds de visualisation pour le rendu 2D/3D ;
• de limiter les transferts de données vers votre poste.

Elle complète les autres services (jobs batch, jobs interactifs, JupyterLab) pour couvrir l’ensemble de la chaîne : calcul, post‑traitement et analyse visuelle.